De historie van de kerk te Welsum gaat terug tot de middeleeuwen. Op het eind daarvan, namelijk in 1475, werd een (roomskatholiek) torentje gebouwd, dat nu met de kerkzaal een geheel vormt. Aan de westkant werd een kapel bijgebouwd. Het kapelletje dat van hout was moet omstreeks 1730 zijn afgebrand. De toren bleef staan. Een pentekening van de in de omgeving bekende Cornelis Pronk uit 1782 toont de toren zonder kapel. In dat zelfde jaar kreeg de toren een zadeldak, dat er oorspronkelijk niet heeft opgezeten.
Een keerpunt in de geschiedenis van de kerk volgde in ongeveer het jaar 1828, toen de Hervormde kerkleden van het westelijk van de IJssel gelegen overwegend agrarische dorpje een eigen gemeente mochten gaan stichten en niet meer behoefden te kerken in de Olster Hervormde kerk. Het classicaal kerkbestuur had er toestemming voor gegeven, omdat er kort daarvoor een veerpont was omgeslagen, waarmee de Welsummers op de zondagen moesten overvaren naar het ten oosten van de IJssel gelegen Olst. Vier (boeren)kerkleden zijn met hun initialen vereeuwigd in de noordelijke lange kerkmuur, waar de eerste steen voor de bij de toren aangebouwde nieuwe (stenen) kerk werd gelegd. Bestuurderen van dit werk, ter eere van Gods Werk staat er verder op de steen als aanduiding.
De nieuwe kerk was in 1830 gereed. Op 10 februari 1830 kwamen de zes meest notabele personen ter vergadering bijeen. Voorzitter was dominee Eilerts de Haan, predikant te Olst. Er werd besloten tot het stichten van een eerste kerkenraad, waarvoor een dubbel viertal werd gesteld. Als ouderlingen werden gekozen Hendrik Voorhorst en Albert Logtenberg, en als diakenen Evert Voorhorst en Hendrik Willem Bredenoord. De eerste predikant was Louis Vroom die op 30 januari 1830 zijn intrede deed.
Tweehonderdvijftig zitplaatsen telde de kerk. Dit aantal is gereduceerd tot plm. 160 plaatsen, omdat Welsum te maken kreeg met een teruglopende bevolking. Met hoogtijdagen zijn er nog wel ruim 200 zitplaatsen te creren. Gelukkig komt dit nog steeds voor.
Aan de zuidzijde ligt een oud cachot, waar eertijds de veldwachter boosdoeners in opsloot. Aan de noordzijde ligt het oude consistoriekamertje, waarvan de ruimte zo klein is dat de predikant, als hij zijn preek doornam, zich in zijn eentje in een benarde positie voelde. Daarom werd aan de oostzijde een nieuwe consistorie tegen de kerk aangebouwd. De consistorie is niet monumentaal.
De wanstaltige preekstoel, die sinds de kerkbouw een ware disharmonie bracht in de kerk, is verdwenen. Op advies van monumentenzorg werd een uit 1700 daterende preekstoel in de kerk geplaatst. Deze preekstoel die een sierlijker karakter had- was afkomstig uit de afgebroken Hervormde kerk van Veenhuizen (Noord-Holland). De preekstoel kreeg in het oud-hollandse interieur (ongeveer 17de eeuw) een roos-bruine tint.
De banken werden vervangen door stijlvolle rieten stoelen. Voor de preekstoel staat een avondmaalstafel en een romaans doopvont. De oude potkachel die een eeuw voor de verwarming diende, werd vervangen door een centrale verwarming.
Op 9 september 1866 werd het orgel in de kerk in gebruik genomen. Blijkens een opschrift op de onderkas werd het geschonken door Angenita Logtenberg. Het instrument is vervaardigd door de toenmalige bekende Utrechtse orgelbouwer Pieter Maarschalkerweert en Zoon, die het in romantische stijl optrok.
Bovenop het gekroonde middeldeel bevindt zich de traditionele Davidsharp, geflankeerd door iets lager rustende engelfiguren, die niet, zoals meestal gebeurde, van gips werden vervaardigd maar van hout. De kast is van linden of grenenhout. Het orgel staat op een balkon tegen de westwand van het kerkinterieur. De frontindeling bestaat uit een ronde middentoren geflankeerd door lagere zijvelden. In elk der velden staan zeven pijpen. Omstreeks 1960 is een nieuw voetklavier aangebracht, met een grotere omvang dan het oorspronkelijke en is het mechaniek gerepareerd.
Op 28 mei 2000 werd aan de orgelmaker Gebr. van Vulpen B.V. te Utrecht opdracht verstrekt tot restauratie van het orgel, dat dringend noodzakelijk is. Door de Rijksdienst voor de Monumentenzorg is het restauratieplan goedgekeurd.